داستان Prince of Persia 3: The Two Thrones که قسمت سوم از بازی های شاهزاده ایرانی می باشد، از این قرار است که وقتی شاهزاده به شهر می رسد متوجه می شود که شهر غرق در آتش است. در نزدیکی شهر کشتی شاهزاده مورد حمله قرار می گیرد و کشتی غرق می شود و سربازانی که Babylon را تصرف کرده بودند Kaileena را با خود می برند. شاهزاده به کمک او می شتابد اما Vizier (عامل تمامی این مشکلات) که قول قدرت را داده است Kaileena را می کشد و به موجودی جاودانه تبدیل می شود و شن های زمان مجدداً آزاد می شوند. در این گیر و دار خنجر زمان (The Dagger of Time) به دست شاهزاده می افتد و به صورت ناگهانی خود شاهزاده هم تبدیل به یک نیمه Sand Creature می شود که فقط شکل و شمایل او عوض شده ولی عقل او سر جایش است. شاهزاده تصمیم می گیرد تا همه چیز را درست کند و شهر را به حالت اولیه ی خود در بیاورد ولی ...

در طول بازی در نقش 2 شخصیت بازی می کنید: یکی حالت عادی و دیگری Dark Prince. حالت عادی او درست مانند شماره های قبلی بازی است اما حالت Dark Prince تفاوت هایی دارد. مهمترین تفاوت این است که شما سلاح جدیدی در اختیار دارید که همان زنجیر شماست و سلاحی قوی برای از بین بردن دشمنان می باشد. از دیگر تفاوت های مهم این است که وقتی در حالت Dark Prince هستید ، عمر شما هر لحظه در حال کم شدن است و شما باید سریعاً توده های شنی را پیدا کنید تا عمر شما دوباره پر شود و این می تواند گاهاً دردسرساز باشد. همچنین شما نمی توانید به اراده ی خود به Dark Prince تبدیل شوید و این امر خود به خودی است. فقط وقتی که وارد آب می شوید به حالت اولیه ی خود باز می گردید.
از نکات دیگر اضافه شده به بازی صدای وجدان شاهزاده است که در جاهایی از بازی به گوش می رسد و شما را راهنمایی می کند. راهنمایی های او عمدتاً مفید و بعضی اوقات راهنمایی های او کلید حل مشکل هستند که در پیشروی در بازی به شما کمک می کند.

ویژگی های بازی Prince of Persia 3: The Two Thrones:
- انجام حرکات آکروباتیک شاهزاده
- استفاده از سلاح های همزمان
- امکان غافلگیر کردن دشمنان از پشت سر
- تعقیب گریز با ارابه رانی
- حل معماهایی که شما را به فکر وا می دارد
- بازی در قالب دو شخصیت
- کنترل آسان بازی
- محیطی متناسب با ایران باستان
- و ...